Meža pētīšanas stacijas darbu vada direktors, kura kompetences noteiktas Meža pētīšanas stacijas nolikumā.
Meža pētīšanas staciju veido šādas struktūrvienības:
- Administrācija;
- Kalsnavas informācijas centrs;
- Jelgavas informācijas cents;
- Smiltenes informācijas centrs;
- Meža sēklu kontroles laboratorija;
- Zinātnisko izmēģinājumu kokaudzētava.
Struktūrshēma šeit